诸将认为主将受伤休战，属下们会感到惶恐害怕。
于是吴汉就裹好膝部创伤而起，杀牛使士卒们饱餐，激励士卒，于是军心大振。
第二日，吴汉率精兵突骑，一齐鼓噪而进。
周建军大溃，反身奔回城中。
吴汉长驱追击，大破敌军。
破城后，吴汉留杜茂、陈俊等守广乐，自己率领大军协助盖延围刘永于睢阳。
七月，睢阳城中食尽，刘永被部将所杀，二城全部投降。
建武四年，此时，吴汉又率领陈俊和王梁前将军，击溃临平的五校贼。
追杀至东郡箕山，大败敌军。又北上平定清河长直和平原五里的贼寇。
当时鬲县五姓联合驱逐了县令，占据城池反叛。
诸将都想进攻，吴汉不同意，认为罪在魁首，于是上书告知郡守，让他们逮捕县令，并派人向城内表示感激。
五姓大喜，纷纷率众投降。
诸将都佩服吴汉不费一兵一卒就使全城投降。
冬天，吴汉率领建威大将军耿弇、汉忠将军王常等，击破并降服了平原的富平、获索。
汉光武帝建武五年贼军趁夜偷袭汉军营寨，军中一片混乱，吴汉却镇定自若，不久就恢复了秩序。
他随即带领精兵突出营寨，发动突然袭击，大败敌军。
他继续追击剩余的贼党，一直打到无盐县，又平定了勃海。
汉光武帝建武六年，吴汉随刘秀围困并攻破朐城，斩杀董宪。山东自此完全平定。
汉光武帝建武六年，关东平定以后，陇右的隗嚣复叛，刘秀命吴汉率军镇守长安。
建武八年，吴汉随刘秀西征隗嚣，与岑彭合力围困隗嚣于西城，又调集关中诸郡的兵马增援。
“刘秀东归时，嘱咐吴汉应尽快遣散多余部队，若有逃散必使士气低落。”
“吴汉与诸将因自恃兵多势强，不愿放弃诸郡兵的辅助，遂不从命。”
“后来果然粮食不足，士卒逃亡。”
“十一月，岑彭壅谷水灌西城，水还没淹没城池一丈高，隗嚣将领行巡、周宗就已带着蜀地公孙述的援军前来。”
““于是岑彭殿后，吴汉等将领全军撤回。”
“汉光武帝建武十一年春，吴汉率领征南大将军岑彭等人出征公孙述。”
“岑彭攻破荆门后，直取江关，吴汉则驻扎在夷陵，建造短船，以运送南阳兵和招募的三万名刑徒顺江而上。”
“正巧岑彭被暗杀，吴汉便接管了他的军队，兼领其军。”
“建武十二年春天，吴汉与公孙述的将领魏党、公孙永在鱼涪津交战，大败敌军，围攻武阳。”
“公孙述派其子婿史兴率领五千人救援。吴汉攻击史兴，全歼其众，又攻下广都。”
“刘秀训戒吴汉敌军兵多，不可轻敌，待其疲惫无力，再发起攻击。”
“吴汉则不听诏令，率步骑二万余人逼近成都，离城十余里。”
“留副将刘尚率万余人屯守江南，相距二十余里，在江岸修筑浮桥作为联络。”
“刘秀得知以后大惊，并下诏责备吴汉。”
“诏书未至，公孙述果使其将谢丰、袁吉率众十多万，分为二十多营，同时出击吴汉。”
“又派别将率万余人袭刘尚，使两处不能相援。”
“吴汉与蜀军激战一日，兵败退入营中，被谢丰等围困。”
“吴汉召集激励诸将，让士卒和马匹饱食一顿，关闭营门三日不出，并多竖旗帜、生烟火以示正常。乘夜悄悄引兵与刘尚会合。”
“次日吴汉率全军迎战，大破蜀军，斩谢丰、袁吉，并获首级五千多颗。”
“而后引军回广都，并留刘尚防守公孙述，并上书报告光武帝，并深自责过失。”
“从此以后吴汉与公孙述在广都、成都之间交战，八战八胜，最后进军围攻外城。”
“公孙述亲自率军数万人出城迎战，吴汉令护军高午、唐邯率精兵突入敌阵，刺中公孙述，公孙述伤重身亡。”
“次日晨，公孙述大将延岑开城出降，然而吴汉仍然族灭了公孙氏、延岑一族。”
“然后放兵大肆抢劫，屠掠成都，还烧毁了公孙述的宫殿。”
“光武帝听说后很生气，责备了吴汉。”
“建武十三年正月，吴汉领兵顺江而下，路过宛城时，光武帝刘秀诏令吴汉回家祭祖。”
“汉光武帝建武十五年，吴汉再率扬武将军马成、捕虏将军马武北击匈奴。”
“把雁门、代郡、上谷官吏人民六万余口，迁徙安置到居庸关、常山关以东。”